NanoPyx还支持多通道图像对齐、卷积操作以及多种插值方法。这些功能为数据处理提供了全景式的支持，适用于从细胞分裂的动态观察到复杂样本的多维数据分析。同时，其用户友好的界面让研究人员无需编程即可完成复杂分析，大幅降低了使用门槛。