Java应用程序与小程序（Applet）在运行环境、功能、安全性及开发方式等方面存在显著差异。Java应用程序更适合复杂任务和独立运行场景，而小程序（Applet）则适合快速部署和网页增强。开发者应根据具体需求选择合适的开发方式。