Miraculeusement, Daniel Jackson a repris forme humaine. Il semble qu'il ait renoncé aux bénéfices de l'ascension pour prévenir SG-1 d'un grave danger. Anubis, vaincu mais non terrassé ...

Vala Malduran, sorte de mercenaire, voleuse et menteuse qui écume la galaxie, collabore maintenant avec l'équipe SG-1. Le lieutenant Mitchell commande SG-1 et le général Landry le SGC.

L'équipe Stargate : Atlantis a pour mission d'explorer la galaxie Pegase, où de nombreuses planètes ont été peuplées par la civilisation humaine qui vivait autrefois dans la cité d'Atlantis.