在《刺客信条：叛变》中，玩家将扮演名为Shay Patrick Cormac的一位顶尖刺客猎人。他摒弃了他之前称作兄弟们的伙伴，力图消灭所有刺客，这一切都源于一次极端偏激的危险任务。他决定驾驶“莫瑞甘”号离开组织进行探险，并开始他对“刺客”们的猎杀。