Fue fundación de los aborígenes de Amula, de origen teco, después de la evangelización. Casi acabó con ellos en 1544 el Cocoliztle o peste. Los sobrevivientes se establecieron río arriba del Alquizar y fundaron San Miguel, cuyos jacales arrambló al poco tiempo una avenida. Caminaron entonces por un arroyo que baja al mismo río. Quienes marchaban adelante escogieron el lugar que hoy es la Cofradía de San Antonio para establecerse. Al llegar, el cacique convocó a los ancianos y determinaron no radicarse allí sino cerca del nacimiento del arroyo en previsión de que nuevos dueños los fueran a privar del agua. Se establecieron entonces en una cañada boscosa, próxima al nacimiento de Alquízar.

En 1859 se suscitó en el poblado un escándalo, porque la autoridad máxima, el exseminarista Anacleto Chavarín, había incurrido en excomunión al jurar las Leyes de Reforma. En 1864 Eugenio Covarrubias encabezó un levantamiento para defender el poblado de los excesos de Antonio Rojas. Simón Gutiérrez “La Simona” el 27 de enero de 1865, por orden de Rojas saqueó el poblado y asesinó a varios vecinos. Se llevó a las principales muchachas del poblado y a 30 jovencitas alumnas del colegio. Dos días antes, en la hacienda de Potrerillos, el general francés Alfredo Berthelin había dado muerte a Rojas.

En 1917 el carrancista Jesús Contreras, “El Zángano”, penetró a la sacristía y al santuario con espuelas y sombrero. El P. Jesús Urzúa lo aprehendió, llevándolo hasta “El Realito” por desconocido. Por su parte el general villista Pedro Zamora no molestó al poblado en lo más mínimo pues además de cultivar muy buenas relaciones con los sacerdotes del lugar, tenía una hija en el colegio. Esto propició que los carrancistas de Autlán clausuraran el convento y expropiaron el edificio. Zamora se enfrentó con ellos en el poblado y desde el Cerrito de la Capilla de la Cruz puso fuera de circulación la corneta, que en son de chunga le tocaba El Guango.

Desde 1825 perteneció al 6° cantón de Autlán. El 2 de agosto de 1875 por decreto número 441 se crea la municipalidad de Ejutla, comprendiendo la comisaría de San Juan de Amula.